1994年4月，原同属国家教委的两所国家重点大学四川大学和成都科技大学，完成强强合并，成立“四川联合大学”，由国家教委直属管理，成为当时国内高校中专业覆盖最广、规模最大的文理渗透、理工结合的新型综合大学之一。1995年4月18日,四川联合大学（四川大学、成都科技大学）校董会成立，标志着学校与政府部门、企业界联合办学以及学校在深化改革方面进入新阶段。1996年学校经过国家评审，成为全国首批进入“211工程”重点建设的少数大学之一。1998年12月，经国家教委批准，“四川联合大学”更名为“四川大学”。李岚清指出：“四川大学是我国高教改革最早的大学，为高校改革做出了历史性贡献，可以说是高校体制改革的先锋。”2000年9月，四川大学与华西医科大学合并，组建新的四川大学。四川联合大学学科涵盖文、理、工、经、管、法等类学科的主要领域。截止1998年，学校设有23个学院，90个科研所和教学、研究中心，84个本科专业，93个硕士学位授权点，31个博士学位授权点，4个博士后流动站。有教职工7082人，其中教授392人，副教授1117人。学生2.76万人，研究生2231人。四川联合大学校长先后由陈君楷（1994年至1997年）、卢铁城（1997年至1998年）担任，党委书记由饶用虞（1994年至1996年）、王祯学（1996年至1997年）、卢铁城（1997年至1998年）先后担任。四川联合大学全宗档案按二级类目组卷分类管理，其中党群类有档案168卷；行政类有档案695卷；教学类有档案5694卷；科学研究类有档案364卷；基本建设类有档案158卷；仪器设备类有档案15卷；出版类有档案289卷；外事类有档案197卷；财会类有档案8244卷（册）；其他类有档案1395卷。